Основаване на съвременния Орден

По свои собствени мотиви Наполеон Бонапарт одобрява „реставрацията“ на Ордена на Храма, като дори разрешава провеждането на голяма церемония в Париж в памет на Великия Магистър Жак дьо Моле и други мъченици на тамплиерите. Вероятно Наполеон вижда в тези нео-тамплиери противовес на масоните, на които няма доверие поради техния републикански дух. До 1808 г. чрез успешен подбор Орденът създава Приорати из цялата Велика империя. Когато през 1811 г. Великият Ориент (Изток) на Франция се опитва да наложи своя контрол, Орденът обявява своята автономност и принадлежност към Римокатолическата религия. Протестанти и евреи не могат  да бъдат негови членове.

Това обещаващо начало е осуетено бързо от Фабре-Палапра. През 1813 г. избухва разкол, когато „той отказва да отстъпи поста си на Велик Магистър и ревизира Устава от 1705 г., за да оправдае обсебването на абсолютната власт над Ордена. В резултат Орденът се оказва с двама Велики Магистри, всеки въвлечен в „малка война на протести и анатеми“. Но през 1827 г. разколът е преодолян, най-вече благодарение на намесата на британския Велик Приор, сър Уилям Сидни-Смит. На Фабре-Палапра е позволено да продължи да заема поста на Велик Магистър. С възстановеното единство Орденът още веднъж процъфтява. Орденът подкрепя  Луи XVIII като конституционен монарх. Кралят на свой ред признава тамплиерите. Когато Шарл X се опитва да възстанови абсолютизма, тамплиерите подкрепят въстанието от 1830 г.

Тогава още веднъж Фабре-Палапра става източник на раздори. Той създава Иоанитската църква на първите християни, основаваща се на подправената версия на Евангелието на Св. Йоан и Левитикон – документи, „открити“ от него. Като се започне от апостол Иоан като първи епископ на Йерусалим, следва една непрекъсната поредица от Велики първосвещеници. Юг дьо Пайен е посветен в ранг Велик първосвещеник, създавайки в Ордена на тамплиерите тайна група от йоанити. Претендирайки за приемственост, Фабре-Палапра приема титлата Суверенен първосвещеник и патриарх. Когато през 1833 г. той започва да налага неговата йоанитска религия над тамплиерите, в Ордена настъпва окончателен разкол. Година по-късно сър Сидни-Смит издава манифест срещу Фабре-Палапра, като свиква Общ конвент. Тогава времето на Фабре-Палапра вече изтича. В недобро здраве, той се оттегля от активна дейност в Ордена. Възползвайки се от неговото отсъствие, тамплиерската опозиция, водена от херцога на Шоасьол и Сидни-Смит, избира Изпълнителна комисия, която възстановява католическите традиции и реформира Ордена. След смъртта на Фабре-Палапра на 5 февруари 1838 г., сър Уилям Смит е избран за регент. По-късно, когато той е избран за Велик Магистър, една фракция, известна като Тамплиерите на Палапра, отказва да го признае като върховен водач на нео-тамплиерите. Орденът още веднъж се разцепва.

След смъртта на Сидни-Смит през 1840 г. фракцията на „ортодоксалните“ тамплиери под ръководството на херцога на Шоасьол продължава съществуването си за известен период. През 1845 г. „ортодоксалните“ тамплиери изпращат принца на Шимей до Рим да искат признаване от папа Григорий XVI. След неговата смърт през 1846 г. разговорите продължават с папа Пий IX, но са прекъснати от революциите от 1848 година. Тамплиерите на Палапра продължават да издигат регенти, докато тяхното съществуване избледнява. Това е очевидно през 1863 г., когато Луи Теодор Жуж – бивш тамплиер – отговоря на писмо, в което се иска информация за френските тамплиери. Той пише: „Как може да ровите във все още пресните гробове и да събуждате телата?… Орденът на Храма е мъртъв почти от времето, когато вашите записи липсват… Орденът не успява да оцелее след 1848 г. Днес колко сме живите, които можем да принадлежим към него? Няколко!… за Франция поне, но вярвам, че още са останали в Белгия и Англия… Бих искал да отговоря на вашата молба, но мога да говоря само за миналото. Повтарям, настоящето на Ордена е вцепененост и смърт.”  (Писмо, написано на 5 декември 1863 г. до Елиз дьо Монтаняк, публикувано през 1864 г. в книгата Histoire des chevaliers Templiers (История на рицарите тамплиери).